Bayersoien war in früher Zeit die römische Station "Ad Seun" bei den Seen (15 vor Chr.). Zahlreiche Funde sprechen dafür, dass Ort und Name wahrscheinlich keltischen Ursprungs sein dürften. Später hieß der Ort Sewen, Sevn und Soyen. Und seit dem Jahr 1808 Bayersoyen und seit 1825 Bayersoien.

Die "Geschichte" eines Ortes oder einer Region beginnt immer lange bevor erste schriftliche oder auch archäologische Zeugnisse die ehemalige Anwesenheit von Menschen an spezifischen Plätzen bezeugen. Dies gilt auch für Bad Bayersoien. Eine erste schriftliche Nennung des Ortes als „Seuuen“ (Sewen) ergibt sich für das Jahr 1167: Der letzte der „bayerischen“ Welfen, der sechste seines Namens, schenkte nach dem Tod seines einzigen Erbsohnes (1167) einen Teil seiner Höfe dem Benediktinerkloster Kempten, wozu auch einige Höhe in „Sewen“ zählten. Noch vor seinem Tod (1191) verkaufte dieser Welf VI. seinen gesamten Besitz an Kaiser Friedrich Barbarossa, wodurch der Ammergau und auch Sewen zu „staufischem“ Reichsgut wurde. Nach dem Aussterben der Staufer (1268) fiel der „distriktus Ammergau“, zu welchem auch Sewen gehörte, an das Haus Wittelsbach.

Kaiser Ludwig der Bayer – ein „Wittelsbacher“ – übergab diesen Distrikt dann seinem neu errichteten Kloster Ettal, welches auch die Hochgerichtsbarkeit erhielt. Die meisten der Anwesen im heutigen Bad Bayersoien kamen dabei in den Besitz der Benediktinerabtei. In kirchlicher Hinsicht blieb Soyen jedoch weiterhin dem Stift und Archidiakonat Rottenbuch zugeordnet. Beinahe zeitgleich mit der Klostergründung im „Etal“ erhielt das Dorf Ammergau sowohl das „Rott-“ als auch das Niederlagsrecht für durchgeführte Waren, wobei zugleich die Verkehrsverbindung zwischen Lech (=Schongau) und Loisach (=Oberau) zur „Reichsstrasz“ aufgewertet wurde. Die günstige Lage an dieser „Rottstraße“ wurde dann zum entscheidenden Faktor für die Entwicklung von einem Bauerndorf zu einer von Handwerkern und Gastherbergen geprägten Zwischenstation an der Rottstraße, zwischen den Handelspunkten Schongau und Ammergau. Das typische Aussehen eines Straßendorfes zu beiden Seiten dieser Handelsstraße blieb Soyen bis in das 20-ste Jahrhundert hinein erhalten.

Kulturelles:

1315 wird in der Pfarrei "Amergaw" die Filialkirche "Sevn" erwähnt.
Das Patronatsrecht hatte von 1316 - 1803 das Kloster Rottenbuch.
1517 erfolgte die Erhebung zur selbstständigen Pfarrei. Zu dieser Zeit war Soyen durch die Aufteilung von Höfen (Söldner) und Ansiedlung von Handwerkern, Steinmetzen und Rottfuhrleuten ( 4 Schmiede) bereits ein stattlicher Ort mit 530 Einwohnern geworden.
1717 wurde die gotische Kirche durch ein barockes Stift vergrößert.
Seit 1637 besteht in Soyen eine Schule. Nach Aufhebung der Klöster 1803 verarmte das Dorf. 1808 erhielt es von König Max I. den Status einer selbständigen, politischen Gemeinde und wurde dem Landkreis Schongau zugeteilt.

Kriegs- und Notzeiten:

Durch seine Lage an der Nord-, Süd-, Heerstraße hatte Soien immer wieder durch Kriegszüge zu leiden: Ende des 4. Jahrhundert Rückzug der Römer; 909, 935, 955 Ungarneinfälle; Investiturstreit 1077/78; Kreuzzug 1147.
Der Bauernkrieg 1525 kam nur bis Steingaden, die hiesigen Bauern hielten dem Abt und dem bayer. Herzog die Treue (Schwur auf dem Peißenberg).
Im 30-jährigen Krieg 1612/48 waren schwedische und kaiserliche Truppen mordend und brandschatzend im Land.
Am 19.09.1703 plünderten kaiserliche Husaren Kirche und Dorf. Die Soier, denen Ober- , Unterammergauer und Kohlgruber zu Hilfe eilten, trieben sie wieder über die Ammer zurück. Hierbei taten sich "Soierinnen in Mannskleidern" rühmlich hervor.
1705: preußische Truppen in Soien.
1740: 300 Österreicher im Winterlager auf Kosten des Dorfes.
1743: 100 Panduren, die das gesamte Vieh wegtrieben.

In der französischen Revolution:

Durchzug von 11.000 Mann, die alles ausraubten. 1799 wurde die Ammerbrücke unpassierbar gemacht. Von 1800 bis 1813 zogen Tausende von Franzosen durch das Land. 1809 fielen 4.000 Tiroler ein. Immer mussten die Bewohner für Essen und Futter aufkommen. Die Kriegskosten für die 1810 durchziehenden napoleonischen Truppen betrugen 10.000 Gulden.
15 Männer aus Soien mussten 1812 am Feldzug gegen Russland teilnehmen. 9 davon sind gefallen. 1866 sind sieben, 1870/71 zweiundzwanzig Mann ausgezogen - 4 davon sind gefallen. Im Krieg 1914/18 fielen von 120 Männern 20. 1939/45 kehrten von 160 Männern 41 nicht mehr zurück. Am 29.04.1945 besetzten amerikanische Truppen den Ort. Nach dem 2. Weltkrieg nahm die Bevölkerung durch die Aufnahme von Vertriebenen und von Flüchtlingen aus dem deutschen Osten um 1/3 zu.